建構生化官能基之量子分子間作用位能資料庫 （科技部,主持人）
Quantum intermolecular interaction energy database for biochemical functional groups
(Ministry of Science and Technology, 2018/08/01~2019/07/31, PI)
建構基於粗粒化剛體─微小振盪模型之力場及其應用（科技部,主持人）
Construction of Force Fields based on Coarse Grained Rigid Blob—Small Oscillation Model and its applications
(Ministry of Science and Technology, 2015/08/01~2018/07/31, PI)
國立臺灣大學學術研究生涯發展計畫－桂冠型研究計畫：第一原理分子動力學模擬
(台灣大學,主持人)
First-principles molecular dynamics simulations
優秀年輕學者研究計畫-第一原理分子動力學模擬（國科會,主持人）
First-principles molecular dynamics simulations.
(National Science Council, 2012/08/01~2015/07/31, PI)
砲彈火箭微型化精準導引系統之整合設計之一：安全備炸機構及加速儀等CMOS MEMS的精裝與介面電路開發 （中科院,主持人）
Development of Safety and Arming Mechanism and Accelerometer via CMOS MEMS and Its Interface.
(CSIST, 2011/08/01~2012/07/31, PI)
分子Keldysh理論及次飛秒過程之應用（國科會,主持人）
Molecular Keldysh Theory and Applications to Sub-femtosecond Processes
(National Science Council, 2011/08/01~2014/07/31, PI)
分子Keldysh理論及次飛秒過程之應用（國科會,主持人）
Molecular Keldysh Theory and Applications to Sub-femtosecond Processes
(National Science Council, 2011/08/01~2012/07/31, PI)
前瞻與創新性研究計畫-全介電超常材料之非線性光學性質（台灣大學,主持人）
Nonlinear Optical Properties of All-dielectric Metamaterials
(National Taiwan University, 2010/08/01~2011/07/31, PI)
利用電熱效應提高免疫分析效率之研究（國科會,主持人）
Immunoassay Performance Enhancement with Electrothermal Effects
(National Science Council, 2008/08/01~2011/07/31, PI)
前瞻與創新性研究計畫-超快強雷射-分子作用中之非線性光電效應（台灣大學,主持人）
Nonlinear Photoelectric Effects with Ultrafast Intense Laser-Molecule Interactions
(National Taiwan University, 2008/08/01~2009/07/31, PI)
敏銳聚合物奈米結構之粗粒化分子模擬（國科會,主持人）
Coarse-Grained Molecular Simulations of Responsive Polymer Nanostructures
(National Science Council, 2006/08/01~2009/07/31, PI)
在奈米碳管聚合物體部分接觸修正之應力轉換機制（宗倬章教育基金會,主持人）
Partial-contact Modified Load Transfer Mechanism in Carbon Nanotube Filled Polymer Matrices
(Tzong Jwo Jang Educational Foundation, 2005/01/01~2005/12/31, PI)
聚合物介面粗粒化分子勢能之研究（國科會,主持人）
Coarse-Grained Intermolecular Potentials for Polymer Interfaces
(National Science Council, 2004/11/01~2006/07/31, PI)